Borja Mariño estudió Musicología en el Real Conservatorio Superior de Música de Madrid con Jacinto Torres, Luis Robledo, Ismael Fernández de la Cuesta, Emilio Rey y José Sierra. Terminó sus estudios con el trabajo Recepción e influencia del verismo en España.
Ha investigado especialmente sobre la producción lírica española de finales del XIX y principios del XX. Tras su contacto con Jacinto Torres se interesó por la figura de Isaac Albéniz, compositor al cual le une una especial relación en su carrera: así, trabajó en el estreno de Merlin en el Teatro Real de Madrid y asistió a Carol Vaness para su grabación de Pepita Jiménez para Deutsche Grammophon. Con motivo del centenario Albéniz ha dirigido una sesión sobre las óperas del compositor en el Teatre del Liceu y en fecha más reciente ha preparado la edición crítica de la partitura de The Magic Opal publicada por Tritó Ediciones, tras su presentación en forma de concierto en el Auditorio Nacional de Madrid.
Asimismo ha publicado diversos artículos entre los que se cuentan:
- Triunfos en la escena de un cosmopolita, en una isla muy alejada de Iberia. Prólogo a la edición crítica de la partitura completa de The Magic Opal. Tritó Ediciones: Barcelona, febrero 2011.
- El anillo “mutante” recupera su magia. Reflexiones sobre la recuperación de The Magic Opal. Programa de mano de la presentación en versión concierto. Auditorio Nacional de Madrid, febrero 2010.
- El retorno a la vida (sobre el estreno de The Magic Opal) para Opera Actual, enero 2010.
- Tradición y ruptura en el siglo XX para XXX Semana do Corpus. Lugo. 2002.
- Viena, paraíso eterno de la música para II Ciclo de Lied de Santiago de Compostela , 2001.
- Barbieri e o espíritu da España romántica para I Festival de Zarzuela de Santiago de Compostela, 2001.
- Notas al programa (Justus Frantz/ Philarmonie der Nationen): Wagner: Lohengrin (frags.); Bruckner: Sinfonía nº5, Auditorio Nacional de Música, Madrid, 2001.
- Notas al programa (Lorin Maazel/ Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks): Debussy: La Mer / Iberia; Schubert: Sinfonía “La Grande”, Auditorio Nacional de Música, Madrid, 2001.
- “…y mi cara serrana lo va diciendo” para I Ciclo de Lied de Santiago de Compostela , 2000.
- Surabaya-Jonnhy para la revista Cavatina (En la escena con Kart Weill) nº7, oct. 2000.
- “Pobre Puccini, esta vez se equivocó” para la revista Cavatina (Cita con la Ópera La Bohème) nº4 oct. 1999.